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腺相关病毒生产PCR循环过程包括三部分：模板变性、引物退火、DNA链延伸合成。下面具体了解下：
1、模板DNA的变性
模板DNA加热到90——95℃时，双螺旋结构的氢键断裂，双链解开成为单链，以便它与引物结合。变性温度低则变性不完全，dna双链会很快复性，因而减少产量。变性温度不能过高，变性时间应尽量缩短，以保持taqdna聚合酶的活力。PCR中DNA变性需要的温度和时间与模板DNA的二级结构的复杂性、G-C含量高低等均有关。G-C间由三个氢键连接，而A-T间只有两个氢键相连，所以G-C含量较高的模板，其解链温度相对要高。对于高G-C含量的模板DNA在实验中需添加一定量二甲基亚砜（DMSO），并且在PCR循环中起始阶段进行热启动。
2、模板DNA与引物的退火
将反应混合物温度降低至37——65℃时，寡核苷酸引物与单链模板杂交，形成DNA模板-引物复合物，即复性。退火温度决定PCR产物的特异性与产量。退火温度高，特异性强，但过高则引物不能与模板牢固结合，DNA扩增效率下降；退火温度低产量高，但过低可造成引物与模板错配，非特异性产物增加。退火所需要的温度和时间取决于引物与靶序列的同源性程度及寡核苷酸的碱基组成。一般实验中退火温度Ta(annealing temperature)比扩增引物的解链温度Tm(melting temperature)低5℃，可按公式进行计算：Ta =Tm-5℃=4(G+C)+2(A+T)-5℃。在反应体系中引物的浓度大大高于模板DNA的浓度，并且引物的长度显著短于模板的长度，因此在退火时，引物与模板中的互补序列的配对速度比模板之间重新配对成双链的速度要快得多。退火时间一般为1——2min。
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